Сначала надо узнать какой раздел boot

gpart show

пример вывода

=>       40  117231328  ada0  GPT  (56G)
         40       1024     1  freebsd-boot  (512K)
       1064   33554432     3  freebsd-swap  (16G)
   33555496   83656704     2  freebsd-zfs  (40G)
  117212200      19168        - free -  (9.4M)

- удаляем /dev/ada0 p1 == freebsd-boot
# gpart delete -i 1 ada0
- создаем и прописываем загрузчик
# gpart add -b 34 -s 128 -t freebsd-boot -i 1 ada0
# gpart bootcode -b /boot/pmbr -p /boot/gptboot -i 1 ada0